Die UBI setzt sich aus neun nebenamtlich tätigen Mitgliedern, die vom Bundesrat gewählt werden, und einem Sekretariat zusammen. Sie hat ihren Sitz in Bern.

Die UBI ist im Rahmen ihres Aufgabenbereichs an keine Weisungen von Bundesversammlung, Bundesrat und Bundesverwaltung gebunden. Dem Bundesrat hat sie jährlich einen Tätigkeitsbericht zu erstatten. Administrativ ist die UBI dem Generalsekretariat des Departements für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK) angegliedert.

Die UBI ist gerichtsähnlich ausgestaltet. Die Beratungen sind grundsätzlich öffentlich. Einzelheiten zur Organisation finden sich in dem vom Bundesrat genehmigten Geschäftsreglement.

Die UBI besteht seit 1984. Ihre Vorläuferin war die Beschwerdekommission für Radio und Fernsehen (Kommission Reck). Erster Präsident der UBI war der Publizist Oskar Reck. Ihm folgten Prof. Dr. Jörg Paul Müller, Bernard Béguin, Dr. Felix Auer, Prof. Dr. Ursula Nordmann, Prof. Dr. Denis Barrelet, Prof. Dr. Roger Blum, Dr. Vincent Augustin und seit dem 1. Januar 2019 Dr. Mascha Santschi Kallay.